La vegetación en el Parque Nacional de Monfragüe destaca por contar con un ecosistema de bosque esclerófilo perennifolio mediterráneo de los más completos y mejor conservados.

Dos condicionantes físicos determinan la flora de Monfragüe: el clima y la geomorfología del terreno. Hace un millón de años Extremadura pasa del clima tropical al clima mediterráneo. Se caracteriza por una estación veraniega con calor sofocante y lluvias casi inexistentes. Los inviernos son suaves y las primaveras y otoños lluviosos y templados. La altitud es moderada. Las pizarras del suelo de Monfragüe dan lugar a una tierra ácida y pobre poco profunda que se degrada con facilidad, constituyendo una superficie parda de tipo silíceo.

El bosque mediterráneo genera una diversidad de ecosistemas vegetales con sus característicos microclimas y especies animales y plantas. Podemos definir así cuatro espacios diferenciados: los roquedos, las riberas, el monte mediterráneo y la dehesa.

Del primero hay que decir que encontramos líquenes, musgos, helechos, dedaleras, ombligo de Venus, cambroños, enebros (Juniperus communis), coscojas e incluso los chaparros de encinas. En las riberas y márgenes se extienden sauces (Salix alba), alisos (Alnus glutinosa), fresnos (Fraxinus angustifolia), chopos y tamujos. Ya dentro del monte y matorral mediterráneo conviven alcornoques (Quercus suber), quejigos (Quercus faginea) e incluso algún Arce de Motpellier. Un denso matorral se extiende compuesto por madroños (Arbutus unedo), labiérnagos y cornicabras (Pistacea terebinthus). Debajo de ellos encontramos durillos (Viburnum tinus) y ruscos (Ruscus aculeatus). Aparecen lentiscos y también brezos (Erika sp.), jaras (Cistus ladanifer) y romeros en zonas más soleadas o menos densas. Por último, dentro de la dehesa crecen encinas (Quercus ilex sub. ballota), escobas blancas (Cytisus multiflorus), retamas, jaras pringosas, aulagas (Genista hirsuta) o acebuches (Olea europaea var. sylvestris) en zonas más soleadas y protegidas. El cantueso adorna el suelo de violeta en los suelos más empobrecidos, color que se torna amarillo gracias al jaguarzo en las laderas serranas con suelos pedregosos.