El relieve de Monfragüe se encuentra caracterizado por suelos sobre los que han dejado huella las fuerzas geológicas.

En un primer momento el parque era parte de un extenso océano, los minerales que arrasaron los ríos durante 170 millones de años fueron formando pizarras y cuarcitas. A continuación hubo un plegamiento durante 130 millones de años que dio lugar a que las pizarras y cuarcitas se levantaran y plegaran. Por último se desintegraron las cuarcitas por la glaciación y las pizarras se deslizaron, allanando la superficie. A esto se sumó un clima cálido y húmedo que originó la erosión que originó el paisaje ahora conocido. En total transcurrieron unos 180 millones de años.

Tras este fascinante proceso edafológico hoy encontramos distintos ecosistemas que definen la orografía del bosque mediterráneo, con una continua sucesión de sierras y llanuras, vegas y riberas, con extensas zonas de vegetación natural que alternan armónicamente con cultivos, pastizales y roquedos.